A legújabb kutatások szerint a bélbaktériumok – melyek alapvetőek a normál immunrendszer kialakulásában – autoimmun-betegségek kialakulását segíthetik elő. Az autoimmun-betegségek során – ennek egyik példája a reumatoid ízületi gyulladás – a szervezet immunrendszere a saját sejteket ismeri fel idegennek, és lép fel ellenük.